La primera parte de la travesía transcurre en el oasis de San Pedro de Atacama a 2.500 msnm. Las exploraciones que allí se realizan en los 4 primeros días lo llevarán a alturas entre los 4.000 y 6.000 msnm, lo que permitirá que su organismo logre una buena aclimatación para continuar el viaje hacia el altiplano boliviano, cuyas alturas fluctúan entre los 3.600 y los 4.700 msnm. La travesía termina frente al Océano Pacífico, a nivel del mar.
En San Pedro de Atacama el clima es muy bueno durante todo el año. Más de 90% de los días tienen sol radiante. Durante el día se registran promedios de temperatura que van desde 8ºC a 23ºC en invierno y de 12ºC a 25ºC en verano.
Entre enero y marzo, el fenómeno del invierno altiplánico alcanza parcialmente a San Pedro, donde deja caer lluvias ocasionales. En la zona de Uyuni se manifiesta con mayor fuerza, dañando caminos e interrumpiendo el paso. Esta es la razón por la que la travesía hacia Uyuni sólo está disponible entre abril y diciembre.
Uyuni tiene un clima igual de seco que San Pedro de Atacama, pero debido a su mayor altura es más frío. Las temperaturas diurnas varían entre 2ºC y 15ºC en los meses de invierno (mayo-agosto), llegando a -20ºC en la noche, y entre 5ºC y 20ºC de septiembre a diciembre.